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这种现象并不少见，而且专门针对此问题有一个补丁程序，但是好像这个补丁也不能从根本上解决问题。所以我们只能从系统的关机原理上想办法了。
当Windows系统关闭时，在关机的过程中需要完成下列工作：
1.完成所有的写盘作业。
2.刷新磁盘缓存(Cache)。
3.运行关闭窗口的代码程序，关闭所有当前正在运行的应用。
4.将所有保护模式下的驱动转变成实模式。
在Windows 98 SE里的关机问题有可能是由下列原因引起的，相应的解决办法如下：
1.非正常关闭的应用。关机前要关闭所有正在运行的程序，包括关闭任何在实模式下加载的TSR程序、关闭开机时从启动组自动启动的程序、关闭任何非系统引导必需的第三方设备驱动程序。
可以通过检查config.sys 、autoexec.bat、win.ini文件确定并删除其中加载的有关实模式程序，还可以使用Microsoft系统配置工具Msconfig.exe(在c:\windows\system目录下)检查有哪些运行的程序，取消后对系统进行干净引导(指只加载最少的驱动程序、并在启动时不运行启动组中的任何程序进行系统引导)。如果干净引导可以解决问题，你就可以利用系统配置工具确定引起不能正常关机的程序。
2.安装了不兼容的、已经损坏的或者有冲突的设备驱动程序。
可以对利用bootlog.txt分析。
正常的最后一行一般含有EndTerminate=Kernel, win98
不正常现象有：
terminate=query drivers 内存管理程序问题
terminate=Unload Network 与config.sys中的实模式网络驱动程序有冲突
terminate=reset display 视频驱动的问题
terminate=rit 声卡或鼠标驱动与计时器有冲突
terminate=win32与32位程序有关的问题注册了线程
3.用于退出窗口的声音文件已经被破坏。可以在“控制面板-声音”中重新选定其他声音文件或设为“无”。
4.硬件设备配置不正确或者已经损坏。
将任何可能引起问题的硬件删除或使之失效。
可以采用下列步骤使设备管理器中的某些设备无效：
进入“控制面板”，“系统”的“设备管理”标签下，双击包含你想选定的设备，单击该设备，然后单击属性。在“常规”标签下，选定“在此硬件配置文件中禁用”复选框，然后单击“确定”。
重新引导系统。
如果问题解决，逐个启用上述禁用的设备，并检查有没有设备冲突：
在设备管理器中双击包含你想选定的设备，单击该设备，然后单击属性。 在“常规”标签下逐个启用上述禁用的设备。在“资源”标签下检查“冲突的设备列表”的内容。注意，并非所有设备都有“资源”标签。
如果通过上述步骤，确定了是某一个硬件引起非正常关机问题，应与该设备的代理商联系，或者通过Internet与厂商联系，以更新驱动程序。
如果问题仍然没有解决，可以单击“开始>程序>附件>系统工具>系统信息”然后单击“工具”菜单，单击“自动跳过驱动程序代理”工具以启用所有被禁用设备的驱动程序。
5.BIOS配置不正确。
在PnP/PCI Configurations选项中，有一项Assign IRQ VGA，如果你装的是Win98SE版本，关不了机，跟这个选项可能有关，要把它打开。
6.由于高级电源管理或者高级配置和电源接口(Advanced Configuration and Power Interface)的设置不正确。
Windows 98 SE包含最新的Advanced Configuration and Power Interface(ACPI)、OnNow and Advanced Power Management(APM)。可以检查“系统-设备管理器-系统设备”是否有这些项目，如果没有，就要刷新或重新安装。再检查“高级电源管理”的设置是否正确。
7.注册表中定义了快速关闭系统功能。请依次选择“开始/程序/附件/系统工具/系统信息/工具/系统配置实用程序/高级”，并选中“禁用快速关机”。而Windows 98SE中解决的方法也可以运行MSCONFIG程序，在禁用快速关机前打钩。
也可以修改注册表，只要把HKEY_LOCAL_MACHINE\system\currentControlSet\control\shutdown下面FastReboot的值由“1”改为“0”就可以了。
8.一些现存的计算机也许需要升级BIOS才能完全支持Windows 98 SE。
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