在开始前先将FAT与NTFS格式的基本设计要素阐释一下。
FAT（File Allocating Table）格式是一种为了易用而设计的非常简单的文件系统。它的基本模式是将磁盘划分为许多簇，在簇中相对集中的记录数据。正如它的名字，它使用简单的文件分配链（文件本身记录第一个占用的簇的位置，文件系统驱动通过顺序访问这个簇以下的簇获得文件数据，并通过最后一个含标记的簇获得下一段数据的位置）来记录文件的数据位置。因为FAT的簇分配表的值是有限的，所以FAT的簇大小是随着分区大小而变化的。当分区变大，簇也相应的变大，否则分区的空间无法被完全使用。FAT32在结构上较以往的FAT16、FAT12最大的改进就是使用了32位的簇分配表，并且降低了最小簇大小，希望借此来兼容更大的硬盘，同时提高访问效率。实际上，一个FAT32的分区理论上可以有8TB的容量，只不过系统为了别的考虑保留了高四位。除了保存文件，FAT不再具有其他的特性。其缓存能力是依靠系统的统一调配实现的。
而NTFS则完全不同，它是一个为了符合现代操作系统要求而专门设计的文件系统。它的基本模式同样是利用簇来集中存储数据，不同点在于把簇按照顺序无限编号，这样簇的大小不再受到分区大小的限制。NTFS的文件分配不再是简单的文件分配链，而是通过一个叫做主控文件表（MFT, Master File Table）的特殊文件夹与文件组来记录一个分区（在NTFS中称为卷，以下一律使用卷这一名词）所有相关的信息，其中主要包括文件夹与文件间的相互关系、卷本身的属性、卷上进行的操作记录、卷上的坏簇、卷的使用情况、卷的特殊属性、卷所含有的引导信息等内容。其次是用户文件相关的信息，其中直接保存一些小文件的分配表（模式如：从m号簇开始n个簇），小目录中包含的文件，以及大目录、大文件的分配起点。与FAT最大不同的是，NTFS会对所有对于分区进行的操作进行记录（称为事务日志），这样可以保证掉电之后文件系统的不一致可以被恢复。除此之外为了性能，NTFS在访问中会自主申请并策划缓存的使用。
其他的细节随着以下的各项比拼详述慢慢道来。
一、性能
实际上，FAT系统在理论上应该具有很好的性能。一个简单的系统当然应该比复杂系统运行起来快。即便NTFS的目录结构非常优化，但如果仅仅是比较盘上数据访问速度，FAT的简单特性还是有很大的优势。可惜的是，自从硬盘拥有了缓存，FAT的这一优势就被反超了。事实上，NTFS
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